La SFG di Mendrisio organizzò la prima staffetta nel 1944, nel periodo della mobilitazione generale, per sollevare il morale alla popolazione che da anni viveva indirettamente la Seconda Guerra Mondiale. Molte SFG, la SA Lugano, la VIRTUS Locarno e le truppe che stazionavano nel Mendrisiotto aderirono all’iniziativa. Fu un gran successo di pubblico con la vittoria della staffetta locale.
Già dagli Anni Sessanta, la Staffetta del Magnifico Borgo si tiene nel periodo pasquale nelle prime ore della sera, per approfittare della magica atmosfera regalata dai trasparenti delle Processioni Storiche. La Staffetta fu organizzata fin verso il 1970, per poi riprendere nel 1985:
da allora, il suo successo è rimasto immutato.
Attualmente, la Staffetta del Magnifico Borgo è organizzata principalmente dall'Atletica Mendrisiotto, coadiuvata dalla SFG Mendrisio.